A Secretaria de Estado de Ciência e Tecnologia (Sect/MG) foi criada pela Lei 6.953, de 16 de dezembro de 1976, ocasião em que também foi instituído o Fundo Estadual de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (Funcet). 

Com o Decreto 18.534, de 14 de janeiro de 1977, a Secretaria tornou-se o órgão central do Sistema Operacional de Ciência e Tecnologia, mantendo o IGA em sua estrutura e tendo como órgãos vinculados, o Cetec e o Ipem. A Metamig, IEF, Funed, Prodemge, BDMG, CDI, Plambel, DAE e Copasa passam a ser órgãos de articulação. 

Com a Lei Delegada nº 06, de 28 de agosto de 1985, a Secretaria passou a ter competência de planejar, organizar, dirigir, coordenar, executar e controlar as atividades setoriais relativas ao desenvolvimento e ampliação de conhecimentos científicos, tecnológicos e ambientais, incluindo a Fapemig como órgão vinculado. 

Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Meio Ambiente (Sectma/MG). Assim a Lei 9.514, de 29 de dezembro de 1987, denominou o órgão que passou a integrar, e ter como subordinados, o Conecit, Concar e Copam. E, como instituições vinculadas, o Ipem, a Feam, a Fapemig e o Cetec. 

Com a Lei 10.827, de 22 de julho de 1992, o IGA deixou de fazer parte da estrutura da Secretaria. 

Em 6 de setembro de 1995, a Lei 11.903, desmembrou a Sectma/MG em Secretaria de Estado de Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável (Semad/MG) e Secretaria de Estado de Ciência e Tecnologia (Sect/MG). Esta passou a integrar como subordinados, o Conecit e o Concar, e como vinculados, a Uemg, a Unimontes, o Ipem, o Cetec e a Fapemig. 

A Lei 12.220, de 1º de junho de 1996, altera a estrutura orgânica da Sect/MG e o Decreto 39.182, de 23/10/97, dispõe sobre a reorganização da Secretaria, finalidades e competências.

O Decreto 43.239, de 27/03/2003, com base na Lei Delegada 54, de 29/01/2003, alterou a organização da Secretaria de Estado de Ciência e Tecnologia vinculando a ela, a Universidade Estadual de Montes Claros (Unimontes) e Universidade do Estado de Minas Gerais (Uemg), além das instituições IGA, Ipem, Fapemig e Cetec, anteriormente vinculadas. 

Em 26 de novembro de 2006, através da Lei 14.797, a então Sect/MG recebeu nova denominação, passando a se chamar Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (Sectes). 

E em 12 de dezembro de 2006, foi publicado o Decreto 44.418 que instituiu o Sistema Mineiro de Inovação (Simi), cuja finalidade é promover convergência de ações governamentais, empresariais, acadêmicas de pesquisa e tecnologia para o desenvolvimento da inovação no Estado de Minas Gerais. 

A Lei delegada nº 115, de 2007, que dispõe sobre a estrutura orgânica básica da Sectes, cria as subsecretarias de Ensino Superior e a de Inovação e lnclusão Digital. Nessa mesma Lei são ratificadas as finalidades e competências da Secretaria de Estado de Ciência, Tecnologia e Ensino Superior que passa a ter como vinculadas a Fundação de Educação para o Trabalho de Minas Gerais (Utramig) e a Fundação Helena Antipoff. 

Em novembro de 2009, a Lei Nº18.505 cria a Fundação Centro Internacional de Educação, Capacitação e Pesquisa Aplicada em Águas (Hidroex), que passa a ser mais uma vinculada da Sectes.

Saída da Utramig no início de 2011 ano com a nova Lei Delegada.

Em 2016, foi aprovada a Lei 22.257/2016, que cria a Secretaria de Estado de Desenvolvimento Econômico, Ciência, Tecnologia e Ensino Superior (Sedectes) com a competência de planejar, organizar, dirigir, coordenar, executar, controlar e avaliar as ações setoriais a cargo do Estado relativas à política estadual de desenvolvimento econômico. Tais atribuições perpassam por áreas como política minerária e energética, logística, comércio exterior, desenvolvimento e fomento da pesquisa, da inovação e do empreendedorismo e supervisão e avaliação do ensino superior no sistema estadual de educação. 

Em 2018, por meio da publicação do decreto de competências,  Decreto n° 47.356, de 25 de janeiro, a Sedectes tem acrescentada às suas competências a responsabilidade pelo desenvolvimento dos arranjos produtivos locais, do cooperativismo e do artesanato. 

No ano de 2019, aprova-se a Lei Nº 23.304/19, referente a reestruturação administrativa do Governo de Minas Gerais, e a então Sedectes se torna Secretaria de Desenvolvimento Econômico (Sede). A competência de ensino superior é repassada à Secretaria de Educação e acrescenta-se funções relativas à política de desestatização e fomento ao desenvolvimento regional. No que tange a área de ciência, tecnologia e inovação, a partir deste ano, destaca-se a manutenção da coordenação do Startups and Entrepreneurship Ecosystem Development – Seed na Sede. 

Com a reestruturação, tornaram-se instituições vinculadas à Sede o BDMG, Indi, Idene, Ipem, ARMBH, ARMVA, Codemig, Codemge, Cemig, Copasa, Copanor e Fapemig. Como subordinados, Conedru, Conecit e Cecoop.